使IIS支持PHP，ISAPI或CGI，FastCGI完全配置教程(最新php5.2.13配置方法)，我是比较完整的一个版本，对可能出现的问题给出了具体的解决方法.

在Windows Server 2003的IIS6下配置ISAPI方式的PHP，配置方法是，在IIS的“WEB服务扩展”中，添加一个新的WEB服务扩展，程序后缀为PHP，ISAPI程序为php5isapi.dll，然后再我的电脑->属性->高级->“环境变量”-“系统变量”中增加变量名PHPRC，数值为php.ini的路径，在Internet信息服务管理器中，选择网站或应用程序的根目录，打开目录属性页(右键选择“属性”)，再选择“主目录”。点击“配置”按钮，选择“映射”Tab页。点击“添加...”，在“可执行文件”设为: c:\php\php5isapi.dll，扩展名设为.php，选择“确认文件是否存在”，然后“确定”保存设置。重启服务器即可完成PHP的配置。

以上红色部分不用做，因为用ISAPI配PHP，不读系统变量(CGI方式才读)，相关权限设置如下：
<网页所在文件夹配置“IUSR_***”的读权限，如果要写的就给修改权限
PHP文件所在文件夹配置“NETWORK SERVICE”和“IUSR_***”的读权限。
php.ini文件给“NETWORK SERVICE”读权限
考到SYSTEM32目录的DLL文件要给“IUSR_**”的读取和运行权限
解压缩 PHP 二进制压缩包到 D:\php 目录下
　　然后打开“我的电脑”->“属性”->“高级”->“环境变量”->“系统变量”->“path”，编辑其值，在前面增加下面的路径地
址：
　;D:\php;D:\php\ext(注意前面的分号)
　　将 php.ini-dist 或 php.ini-recommended 复制到 C:\Windows 目录下，并改名为 php.ini
一般正式发布网站的服务器用php.ini-recommended 安全性高
而作为调试用的服务器用php.ini-dist 更好
当然一般情况下，这个 php.ini 还是需要根据实际情况来修改的。
　　下面来介绍一下几个必要的修改选项：
复制libmysql.dll到System32目录
　　extension_dir = "D:\php\ext"
　　这个是 PHP 扩展所放置的目录，请确保跟你实际安装的目录相同。
设置正确的时区：
找到“date.timezone”设置成：date.timezone = PRC
以下操作选择性的打开或关闭PHP扩展
　　extension=php_mssql.dll
　　extension=php_mysql.dll
　　　上面这些，开头没有加分号的是打开的扩展，加了分号的是没有打开的扩展。
　　session.save_path = c:\sessions
　　这个是 session 文件默认保存的目录，这个目录必须是一个存在的目录，不然默认的 session 功能会无效。我这里设置的是一个 ramdisk 上的一个目录。将 session.save_path 设置在 ramdisk 上可以加快 session 处理的速度。如果你没有安装 ramdisk，你可以把它指定到其他盘的任何一个目录下，如 C:\sessions 目录、C:\Windows\Temp 目录等。
　　OK，基本工作作完了，现在该配置 IIS 了。
　　打开“ Internet 信息服务(IIS)管理器”，在“ Web 服务扩展”里，选择“添加一个新的 Web 服务扩展”，扩展名可填写
“PHP ISAPI 扩展”，要求的文件选择：D:\php\php5isapi.dll（如果安装的是 PHP4，则此处是 C:\php\sapi\php4isapi.dll
，下同），并设置扩展状态为允许。
　　打开“网站”->“属性”->“ISAPI 筛选器”->“添加”，筛选器名称可填写“PHP”，可执行文件仍然选择
D:\php\php5isapi.dll。
　　打开“网站”->“属性”->“主目录”->“应用程序设置”->“配置”->“应用程序扩展”->“添加”，可执行文件还是选择

在用IIS整合php时，有两种方式：ISAPI与CGI模式，这两种方式，我们都可以看到phpinfo页面，但是使用ISAPI模式，无法读取环境变量，所以通过环境变量PHPRC设置的php.ini路径无法找到。使用CGI就可以，这样就不必把好多文件拷到系统文件下。

配置文件（PHP 3中是php3.ini，自PHP 4起是php.ini）在PHP启动时被读取。对于服务器模块版本的PHP，仅在
web服务器启动时读取一次。对于CGI和CLI版本，每次调用都会读取。
php.ini的搜索路径如下（按顺序）：
* SAPI模块所指定的位置（Apache2中的PHPIniDir指令，CGI和CLI中的-c命令行选项，NSAPI
中的php_ini参数，THTTPD中的PHP_INI_PATH环境变量）
*HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PHP\IniFilePath（Windows注册表位置）
*PHPRC环境变量
*当前工作目录（对于CLI）
*web服务器目录（对于SAPI模块）或PHP所在目录（Windows下其它情况）
*Windows目录（C:\windows或C:\winnt），或--with-config-file-path编译时选项指定的位置

我在Server2003+php4的环境下遇见了这个问题，解决的方法是在前面写PATH环境变量的时候，添加一个PHPRC，指向x:\php4\php.ini，重新启动即可，如果实在还是不行的，最后还有一招就是安装zend，php加速器，因为安装zend的时候，会指定php.ini的路径，也会指定所使用的服务器是IIS还是Apache，起本质是对注册表做了修改，但是我不知道修改了哪个位置，所以我在上面的操作还是无效的情况下，最后安装Zend，终于成功解决问题了。