至于MySQL方面，您需要知道的几个重要目录与文件有以下几个：
/etc/my.cnf:这是Mysql的配置文件，包括您想要进行mysql数据库的最佳化，或者是正对mysql进行一些额外的参数指定，都可以在这个文件里实现
/usr/lib/mysql:这个目录是MySQL数据库放置的位置，当启动任何MySQL的服务器时，请务必记得在备份时，将此目录完整的备份下来。

另外，在PHP方面，应该了解以下几个文件。
/usr/lib/httpd/modules/libphp4.so:PHP提供给apache使用的模块，这个关系我们能否在apache网页上面设计php程序语言的最重要文件
/etc/httpd/conf.d/php.conf:你要不要手动将该模块写入Httpd.conf中呢？不需要，因为系统已经主动将php设置参数写入到这个文件中了，而这个文件会在apache重新启动时被读入。
/etc/php.ini:这是PHP的主要配置文件，包括PHP能不能允许用户上传文件，能不能允许某些低安全性的标志等，都在这个配置文件中设置。
/etc/php.d/mysql.ini /usr/lib/php4/mysql.so:PHP能否可以支持MySQL接口就看这两个文件了。这两个文件是由php-mysql软件提供的
/usr/bin/phpize /usr/include/php:如果您以后想要安装类似PHP加速器可以让浏览速度加快的话，那么这个文件与目录就需要存在，否则加速器软件没法用。

httpd.conf的基本设置
首先，你需要在/etc/hosts内需要有个一个完整的主机名，否则在重启apache服务时，会提示找不到完整的主机名。
httpd.conf的基本设置是这样的:
<设置项目>
次设置项目内的相关参数
。。。。

例如，你想要针对首页/var/www/html提供额外的功能，那么可以进行如下设置：

Options Indexes
......

针对主机环境的设置项目
#vi /etc/httpd/conf/httpd.conf
ServerTokens OS
# 这个项目在告诉客户端WWW服务器的版本和操作系统，不需要改编它
#如果你不想告诉太多的主机信息，将这个项目的OS改成Minor

ServerRoot "/etc/httpd"
#这个是设置文件的最顶层目录，通常使用绝对路径，下面某些数据设置使用相对路径时
#就是与这个目录设置值有关的下层目录，不需要更改它
ServerRoot
设定Apache 安装的绝对路径
TimeOut
设定 服务器接收至完成的最长等待时间
KeepAlive
设定服务器是否开启连续请求功能,真实服务器一般都要开启
Port
设定http服务的默认端口。
User/Group
设定 服务器程序的执行者与属组,这个一般是apache

下面我们就针对Apache做几个实验
1：我们测试把默认网站目录改到root家目录下
新建/root/website目录
#mkdir -p /root/website
#echo "website page" >> /root/website/index.html
#vi /etc/httpd/conf/httpd.conf
找到 DocumentRoot "/var/www/html" 这一段 //apache的根目录
把/var/www/html 这个目录改到 /root/website
在找到 //定义apache /var/www/html这个区域
把 /var/www/html改成/root/website
这样我们就把apahce的默认路径改掉了
然后重启服务
#service httpd restart
//这里在你重启服务的时候，可能会报错，说找不到目录，这个主要是由于selinux导致的
那怎么解决呢？有2个办法，关掉selinux
#setenforce 0
或者更改/root/website这个文件的selinux属性，让它匹配httpd这个服务器的要求
怎么改？我们可以复制/var/www/html这个目录的selinux属性
#chcon -R --reference /var/www/html /root/website
然后在重启服务，之后你就看到它没有报错了
不过你去访问localhost的时候，会发现访问拒绝 这是为什么呢？主要是因为你的/root的权限是750,ahache这个用户没有权限访问，你需要更改掉权限，可以这样改
#chmod -R 755 /root
然后去访问 发现正常了